上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已彰显出丰富的生物制品渗透性，也包括抗癌症和抗虫毒功能。普通，三萜是在甲羟戊酸途经自动合成的，并从纯天然草本植物和细菌中导入。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学钻研开题报告。该科学钻研看见三萜类有机物虫草酸（GA）是使用介质液体激发的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生态学流量转化有的。完成转录组和淀粉酶质组学枝术进的一步探险无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT有两大类野生灵芝粉酸（GA）的机理，并可根据两组学枝术检则到的相互影响什么是基因和相互影响淀粉酶，推断DHT 微生态学分解 GA 的手段。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功能模块划分

能够对无柄野生灵芝细菌菌丝体去转录组测序共获得67230个转录本和14296个单人类表观遗传。在以上单人类表观遗传中，49多个被监定为的差异表答人类表观遗传（DEGs），这当中213个表答上浮，279个表答变动（图1A）。GO聚集讲解后，DEGs涵盖生物制品工作（BP）、神经元成分表（CC）和原子模块（MF）3类。在BP行业类型中，造成了前4个子行业类型：消炎药分离分解工作，冰醋酸盐分解工作和甲酸盐分解工作;而在CC行业类型中，神经元外区、突触塑料体、突触构造是前4个亚类。就MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）活性酶类酶酶、脱色还原成酶活性酶类酶酶和酸氨（或酰胺）对接酶活性酶类酶酶是前4个亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG径路讲解中，前30条聚集度最大的径路有27条是指分解，这当中二氧化氮分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解4g信号径路有效聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和模块各类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

根据对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体实施蛋清质组学定性分享，共计制定了16,457种特别肽、2606种蛋清质和2588种按量蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰条件下，这里2606种蛋清质中，94种被认定为不同之处表答出蛋清（DEPs），表中52种上浮，42种降低（图2A），图2C屏幕上凸显了不同之处表答出蛋清的聚类分享定性分享热图。从GO定性分享来讲，BP类屏幕上凸显，通常数DEPs参入乙酸盐基础分解率方式、抗生素类降解基础分解率方式和药物剂量降解基础分解率方式。CC类DEPs在血组织膜外区、过被腐蚀物质酶体和微体中占到百分比高，被腐蚀替换酶动物制品和甲酸脱氢酶（NAD）动物制品在MF类中DEPs的百分比高（图2B）。与转录组统计数据差不多，KEGG移动信号径路定性分享屏幕上凸显，好多DEPs在基础分解率中含有，表中3条最含有的手段是光合动物制品中的碳固定的、碳基础分解率和MAPK移动信号移动信号径路（图2D）。显然，根据定性分享GO统计数据表的CC对DEPs实施亚血组织膜确定定性分享和注音（图2E），DEPs大部分遍布在血组织膜质（40.66%）、血组织膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），概念上是GAs动物制品生成的大部分位置上。

图2|血清质组的按量研究和功用手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转换和对应组得票率DEGs和DEPs加工制作了维恩图，有20个距离传达表观遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组总计有的DEGs/DEPs开展聚类研究法研究，出现mRNA和血清质间有1几个调涨表观遗传和几个上涨表观遗传，DEGs和他译文资料的DEPs传达级别呈正对应，基本概念Pearson的对应因子研究，在转录组和血清质组间监测到相比较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测报告单表明，E组和C组15个DEGs的展现的水平距离不错，表中9个为调涨DEGs，5个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现浪潮与转录多组分析报告单一直。

图3|核氨基酸组的降钙素原检测讲解和工作核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）